La investigación del Instituto se organiza en torno a las siguientes líneas de investigación sobre Iberoamérica:
Fortalecimiento Institucional, Estado de Derecho y Reforma del Estado [L2]
Historia y procesos históricos [L3]
Economía, Pobreza, Desarrollo y Cooperación [L5]
Cada línea está conformado por diferentes Grupos de investigación que integran a los miembros del Instituto.